肝细胞癌双硫死亡相关LncRNA预后模型的构建和验证
Construction and validation of a prognostic model for disulfidptosis-associated LncRNA in hepatocellular carcinoma
摘要目的:评估双硫死亡相关LncRNA在肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)患者中作为预后指标的潜在价值.方法:从TCGA数据库中获取HCC的RNA-Seq和临床信息数据,从相关文献中获得10个双硫死亡相关基因,通过共表达分析获得双硫死亡相关LncRNA.然后利用单因素Cox回归、Lasso风险回归分析和多因素Cox回归构建基于双硫死亡相关LncRNA的预后模型,根据训练集的风险评分中位值将HCC样本划分高、低风险组,通过K-M生存曲线、ROC曲线、主成分分析(PCA)以及C-指数评估模型效果.此外,对高、低风险组差异基因进行GSEA富集分析,并对高、低风险组进行免疫功能差异分析和免疫治疗效果分析.结果:从TCGA-LIHC数据库筛选得到320个双硫死亡相关LncRNA,单因素Cox回归分析得到40个与患者预后相关的LncRNA(P<0.05),LASSO风险回归和多因素Cox回归分析构建了6个双硫死亡相关LncRNA的预后模型(ELFN1-AS1、AL049840.2、MKLN1-AS、CYTOR、AL161645.1和AC069307.1),且K-M生存曲线、ROC曲线、主成分分析(PCA)以及C-指数验证了该模型具有良好的预测能力.对高、低风险组差异基因进行GO和KEGG富集分析,GO富集分析显示,生物学过程主要富集在外部封装结构组织,细胞组分主要富集在含胶原的细胞外基质,分子功能主要富集在细胞外基质成分.KEGG主要富集在PI3K/AKT信号通路.此外,对高低风险组差异表达基因进行功能富集分析,发现高风险组主要富集在细胞外基质受体途径,而低风险组主要富集在药物代谢细胞色素p450途径.采用GSEABase包分析高、低风险组免疫功能之间的差异,结果显示高风险组抗原呈递细胞共刺激(APC_CO_stimulation)、趋化因子受体(CCR)、主要组织相容性复合体Ⅰ类呈递(MHC_class_Ⅰ)、副炎症和辅助性T细胞2(Th2)的表达高于低风险组,高风险组的TIDE评分高于低风险组.结论:基于TCGA数据库构建了具有良好预测性能的HCC预后模型,为进一步研究双硫死亡相关LncRNA在肝细胞癌中的作用提供了新思路.
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