胃癌相关血浆环状RNA的筛选及其母基因在胃癌组织中表达的生物信息学研究
Screening of gastric cancer related plasma circRNA and bioinformatics study of its parent gene expression in gastric cancer tissues
摘要目的 筛选胃癌相关血浆差异表达的环状RNA(circRNA)基因,验证初筛circRNA在胃癌患者血浆中的表达,并通过生物信息学方法分析其母基因在胃癌组织中的表达和临床意义.方法 采用circRNA基因芯片技术,获取circRNA在胃癌患者和正常体检者血浆中的表达谱,筛选出胃癌患者与正常体检者之间差异表达2倍以上的circRNA;通过生物信息学方法,筛选候选circRNA基因,分析前10个circRNA对应母基因中在胃癌组织和癌旁组织之间差异表达倍数大于2倍的母基因[睾丸表达10基因(TEX10)、硫酸肝素蛋白多糖2(HSPG2)、微管蛋白ε和δ复合物1(TEDC1)、整合素亚单位β4(ITGB4)、ADP核糖基化因子GTPase激活蛋白1(ARFGAP1)]在胃癌组织中的表达,以及在不同增殖阶段、不同分化程度、有无幽门螺杆菌(Hp)感染、不同淋巴结转移、不同临床病理组织亚型患者胃癌组织与癌旁正常组织间的差异表达.结果 通过分析胃癌患者血浆相关circRNA表达谱,共发现566种circRNA在胃癌患者和正常体检者血浆中的表达水平存在显著性差异(P<0.05),其中68种circRNA表达水平差异超过2倍.通过生物信息学分析,最终筛选得到20个候选circRNA基因.母基因TEX10、HSPG2、TEDC1、ITGB4、ARFGAP1在胃癌组织中明显上调表达(P<0.001),在不同增殖阶段、不同分化程度、有无Hp感染、不同淋巴结转移、不同临床病理组织亚型患者胃癌组织与癌旁正常组织中的表达均具有显著性差异(P<0.05或P<0.01或P<0.001).结论 成功构建了胃癌相关血浆circRNA表达谱,并初步筛选出在胃癌患者血浆中差异表达的20个circRNA基因;血浆中升高的 hsa_circ_0087773、hsa_circ_0010697、hsa_circ_0033634、hsa_circ_0045686、hsa_circ_0061150 所对应的母基因TEX10、HSPG2、TEDC1、ITGB4、ARFGAP1在胃癌组织中亦上调表达,这对胃癌的诊断和预后评估具有一定的临床价值.
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