换一批m5C甲基化基因介导肝癌索拉非尼耐药的生信分析
Bioinformatics Analysis of m5C Methylation-related Genes Associated with Sorafenib Resistance in Hepatocarcinoma
摘要目的 基于生物信息学方法分析与肝癌索拉非尼耐药相关的m5C甲基化基因.方法 从GEO数据库下载索拉非尼敏感与耐药的肝癌细胞基因数据集(GSE189711),利用GEO2R工具筛选差异表达基因.从TCGA数据库下载肝癌患者基因数据集(TCGA-LIHC),通过R软件筛选肿瘤和正常组织的差异表达基因,并通过单因素、多因素Cox回归分析,获得m5C相关索拉非尼耐药肝癌的预后标志基因.使用维恩图工具对筛选得到的基因进行交集分析,确定关键耐药靶基因.通过qRT-PCR实验分析靶基因在耐药细胞株Huh7-SR和敏感细胞株Huh7中的表达情况,并利用CCK8细胞活力实验验证耐药基因敲低对肿瘤细胞活力的影响.结果 GEO数据库GSE189711的分析结果显示,在索拉非尼耐药与敏感的肝癌细胞中共发现5 247个差异表达基因(P<0.05).TCGA数据库结果表明,9个m5C甲基化基因在肝癌与癌旁组织的表达有显著性差异,其中8个基因与患者生存预后显著相关(P<0.05).多因素Cox回归分析确认NSUN2为影响患者预后的m5C甲基化风险基因(P<0.05).qRT-PCR结果显示,耐药细胞株中NSUN2的mRNA水平显著高于敏感细胞株(P<0.05),并且随着索拉非尼浓度的增加,NSUN2的mRNA水平显著升高(P<0.05).细胞活力实验进一步表明,NSUN2的敲低能够恢复肝癌细胞对索拉非尼的敏感性.结论 NSUN2作为m5C甲基化相关的预后标志基因,其高表达与患者的不良预后密切相关,可能是未来肝癌治疗的潜在靶点.
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关键词
肝癌索拉非尼耐药m5C甲基化生物信息学hepatocellular carcinomasorafenibsorafenib resistancem5C methylationbioinformatics
分类号
R979.1（药品）
栏目名称
DOI
10.12048/j.issn.1674-229X.2025.09.005
发布时间
2025-11-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
江苏省药学会-正大天晴医院药学科研基金项目（Q202222）
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