基于GEO数据库分析黄褐斑基因表达的差异性

Differences of gene expression in chloasma based on GEO database

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摘要目的探讨基于GEO数据库分析黄褐斑基因表达的差异性,并对差异表达基因调控的功能通路进行分析.方法将2021年4月作为时间截点,基于GEO数据库筛选黄褐斑相关基因表达谱,选择"chloas-ma"为筛选条件,"human"为物种类型.使用GEO2R对黄褐斑差异基因表达情况进行分析,并对通路富集情况做KEGG分析.使用蛋白间相互作用(PPI)找出关键基因及蛋白靶标,分析差异基因表达情况.结果根据GEO数据库共筛选出差异基因34个,其中上调基因16个、下调基因18个.KEGG显示黄褐斑有13条显著差异性富集信号通路(P<0.05),主要与黑色素生成、多种信号通路、Gap连接等有关.GO功能分析显示前30个显著富集条目中,生物过程包括酶联受体蛋白信号通路、膜受体酪氨酸激酶信号通路等,细胞组分包括核内腔、核仁、细胞器内腔等,分子功能包括结合酶、依赖DNA的转录正调节等.STRING分析显示,在PPI网络中提取包含2453种基因的核心网络中排名前5的基因为TYRP1、GDF15、MITF、NRF2和Beclin1,以上5个基因是黄褐斑患者表达的最关键基因,与黄褐斑的发病有关.结论 TYRP1、GDF15、MITF、NRF2、Beclin1是影响黄褐斑形成的主要基因,可能通过多种信号通路、受体结合、DNA转录调节等途径影响黑色素的代谢与沉积,导致了黄褐斑的发生发展.