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基于生物信息学探讨TAP1在胃腺癌中的表达及其意义

Expression and significance of TAP1 in gastric adenocarcinoma based on bioinformatics

摘要目的:抗原处理相关转运蛋白1(transporter associated with antigen processing 1,TAP1)与自身免疫性疾病、自身炎症性疾病和癌症等多种疾病关系密切,但其与胃腺癌的关系尚不明确.本研究旨在探讨胃腺癌中TAP1的表达及其意义.方法:通过基因型-组织表达(genotype-tissue expression,GTEx)、癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库及免疫组织化学方法检测TAP1在胃腺癌中的表达并分析其与病理参数的相关性,使用R软件pROC包进行受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析;使用Kaplan-Meier Plotter在线分析网站探讨TAP1与胃腺癌预后的相关性;使用肿瘤免疫估算工具(tumor immune estimation resourse,TIMER)分析TAP1与免疫细胞浸润之间的相关性;在基因表达谱互动分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库中筛选胃腺癌前100个与TAP1共表达相关的基因,进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析.结果:与正常组织相比,胃腺癌组织中TAP1蛋白和mRNA表达水平均显著上调(均P<0.05).诊断ROC曲线显示曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.826.TAP1的表达水平与胃腺癌患者的肿瘤分级有关(P<0.01),与病理分期、年龄均无关(均P>0.05).Kaplan-Meier生存曲线显示TAP1高表达患者总生存期、无进展生存期较低表达患者均延长(均P<0.05).富集分析显示TAP1表达与T细胞受体结合、主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)蛋白生成、抗原加工与提呈等过程密切相关.免疫微环境中CD4+T淋巴细胞等细胞浸润及免疫检查点基因的表达与TAP1的表达水平均呈正相关(均P<0.05).结论:TAP1在胃腺癌中高表达,具有较好的诊断效能,与较好的胃腺癌预后相关.TAP1可能参与T细胞受体结合、抗原加工与提呈等生物学过程,并且与多种免疫细胞浸润高度相关.

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