换一批基于杂交链反应的新一代RNA-FISH技术检测EV-A71 RNA及其与病毒3D聚合酶的相互作用
RNA-FISH based on the new generation of hybridization chain reaction to detect enterovirus A71 RNA and its interaction with the viral 3D polymerase
摘要RNA荧光原位杂交(RNA-fluorescence in situ hybridization,RNA-FISH)技术利用荧光标记的核苷酸探针,通过互补链杂交,对细胞或组织中特定的RNA序列进行检测和定位.由于RNA-FISH产生的阳性信号较弱,需要结合特异性信号放大,提高信噪比.但传统信号放大技术的背景难以消除,无法定量且分辨率低,是RNA-FISH技术应用的巨大障碍.本文基于第3代杂交链反应(hybridization chain reaction version 3.0,HCR v3.0),利用一对分裂式探针消除非特异杂交背景,并引发荧光信号放大反应,建立了针对肠道病毒A71(enterovirus-A71,EV-A71)RNA的敏感、特异的FISH检测方法,并将该技术与蛋白免疫荧光(immunofluorescence,IF)检测结合,通过高分辨率激光共聚焦成像,成功地在单个细胞水平上检测了EV-A71感染细胞后病毒RNA与其聚合酶3 D蛋白的分布变化和相互作用情况,并对细胞中病毒RNA和3D蛋白进行定量.发现相较于传统定量方法,如逆转录定量聚合酶链反应和免疫印迹,新一代RNA-FISH技术在单个细胞水平上病毒RNA和3 D聚合酶的表达情况与群体细胞检测的结果在趋势上有明显差异.这说明,基于杂交链反应的新一代RNA-FISH技术,可以克服群体细胞数量增减掩盖病毒组分变化的缺点,从而真实反映病毒在单个细胞中的变化.
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关键词
第3代杂交链反应RNA原位杂交技术肠道病毒A713D聚合酶Hybridization chain reactionRNA in situ hybridizationenterovirus-A713D polymerase
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1673-6184.2023.04.002
发布时间
2024-03-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（32070184）
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