结合自由能微扰积分法及其在药物研发中的应用

Application and Research Progress of Binding Free Energy Per-turbation Calculation in Drug Discovery

二维码有效期 120s

摘要以分子动力学为基础的泊松-玻尔兹曼(或广义玻恩)分子表面法(Molecular Mechanics/Poisson-Boltz-mann(or Generalized Born)Surface Area,MM/PB(GB)SA)在药物研发过程中取得巨大成功.与MM/PB(GB)SA计算相比,结合自由能微扰积分法通过构建严谨的热力学循环,可对结合自由能进行精确计算,但因为其计算量巨大,所以在实际中应用相对较少.近年来,随着高性能计算机的发展和动力学模拟技术的革新,基于结合自由能微扰积分法的结合自由能计算逐渐成为研究热点.本文简要介绍了以分子动力学为基础的结合自由能微扰积分法的计算过程及其相关联的限制势增强动力学采样技术,并通过具体的实例展现结合自由能微扰积分法在药物研发中的应用前景.

作者甘雨满 ^[1] 刘永宏 ^[2] 刘锴 ^[1] 学术成果认领

作者单位广西中医药大学海洋药物研究院,广西南宁 530200 ^[1] 广西中医药大学海洋药物研究院,广西南宁 530200;中国科学院南海海洋研究所,中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室,广东广州 510301 ^[2]

关键词分子动力学模拟自由能计算微扰积分法热力学循环药物设计

分类号 O641

栏目名称 综述类

DOI 10.13656/j.cnki.gxkx.20201214.007

发布时间 2021-01-18

基金项目

国家自然科学地区基金项目 广西高校引进海外高层次人才"百人计划"项目 广西自然科学青年基金项目 广西中医药大学新进博士科研启动项目 广西高校中青年教师科研基础能力提升项目 广西中医药大学海洋药物研究院团队科研专项 广西八桂学者专项 广西中医药大学岐黄工程高层次人才团队培育项目