换一批摘要为了阐明药用植物五爪金龙Ipomoea cairica的叶绿体基因组特征,选用五爪金龙叶片为样品,采用试剂盒法提取DNA并建立测序文库,随后使用新一代细胞器基因组测序技术进行高通量测序,并利用生物信息学手段进行序列组装和特征分析.结果显示,五爪金龙叶绿体基因组为环状双链四分体分子,全长161 780 bp,由 88 205 bp 的大单拷贝区(Large Single Copy,LSC)、30 747 bp 的反向重复区(Inverted Repeat,IR)A、12 081 bp的小单拷贝区(Small Single Copy,SSC)和30 747 bp的反向重复区B(IRB)排列而成,含有131个基因;共有28 757个密码子,偏好使用以A或T结尾的密码子;存在67个简单重复序列(Simple Sequence Re-peat,SSR),并以A/T单核苷酸重复居多.五爪金龙与近缘植物在IRB-SSC边界之间存在较为明显的变异,与同属三裂叶薯I.triloba、番薯I.batatas等的亲缘关系更近.本研究报道了五爪金龙叶绿体基因组的结构和序列组成,并分析其特征,为五爪金龙的物种鉴定、遗传进化及开发利用提供了基因组信息.
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关键词
五爪金龙叶绿体基因组密码子偏好性简单重复序列系统进化关系Ipomoea cairicachloroplast genomecodon biassimple sequence repeatphylogenetic relationship
分类号
R282（中药学）
栏目名称
DOI
10.13656/j.cnki.gxkx.20240910.005
发布时间
2024-10-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
广东省基础与应用基础研究基金项目（2018A030310116）
广东省大学生创新创业训练计划项目（S202310571113）
广东医科大学大学生创新创业训练计划项目（GDMU2022113）
广东医科大学大学生创新创业训练计划项目（GDMU2022125）
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