换一批深圳市HIV-1主要流行毒株的系统动力学回溯研究
Retrospective study on system dynamics of HIV-1 main epidemic strains in Shenzhen
摘要目的 利用系统动力学方法分析深圳市HIV-1主要流行毒株的有效再生数(Re).方法 从HIV Sequence Database下载2005-2019年深圳市新报告HIV感染者的HIV-1基因序列.对序列进行整理、亚型判定后,利用中国艾滋病病毒基因序列数据平台进行分簇、分组.针对各个亚型亚簇的分组序列集构建最大似然树后,利用TempEst v1.5.3软件进行遗传进化和时间的线性回归分析.应用BEAST v2.6.3软件进行系统动力学分析,计算Re.结果 (1)最终纳入6 619条序列进行分析,其中CRF01_AE亚型2390条、CRF07_BC亚型2886条、CRF55_01B 亚型 983 条、CRF08_BC 亚型 294条、CRF59_01B 亚型 66 条.(2)Re均值计算结果显示,CRF01_AE、CRF07_BC、CRF55_01B 亚型中,Re均值最高的分别是 CRF01_AE_C1-1(1.357)、CRF07_BC_N-14(1.553)、CRF55_01B_C 1(1.464);CRF08_BC和CRF59_01B亚型具有较高的 Re均值,分别为 1.511 和 1.574.(3)动态Re计算结果显示,CRF01_AE各亚簇亚组的Re值整体呈下降趋势,2010年后Re值在1上下波动;CRF59_01B和CRF55_01B的Re值于2018年后均呈上升趋势,且Re值＞1;2019年CRF07_BC的10个亚组和CRF08_BC的Re值＞1.结论 深圳市HIV-1不同亚型的传播能力不同,需要重点监测Re＞1的HIV-1毒株的流行动态,以指导HIV-1精准防控.
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关键词
人类免疫缺陷病毒1型有效再生数分子簇系统动力学传播能力Human immunodeficiency virus type 1Effective reproduction numberMolecular clusterSystem dynamicsTransmission ability
分类号
R183.9（流行病学与防疫）
栏目名称
DOI
10.11675/j.issn.0253-4304.2024.12.05
发布时间
2025-02-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
海南省自然科学基金项目（824RC519）
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