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猴欢喜叶绿体全基因组及杜英科系统地位分析

The complete chloroplast genome of Sloanea sinensis and the systematic status of Elaeocarpaceae

摘要最新的分子系统发育(APG IV)研究中以猴欢喜属(Sloanea L.)为代表的杜英科(Elaeocarpaceae)所在的酢浆草目(Oxalidales)被置于豆类分支(Fabids),且与卫矛目(Celastrales)、金虎尾目(Malpighiales)组成一支(COM分支),但支持率较低.为提高COM分支支持率,该文以杜英科猴欢喜属猴欢喜(Sloanea sinensis)为材料,应用Illumina Hiseq 2500对猴欢喜叶绿体基因组进行测序,并通过Geneious 11.0,PGA和Shiny软件进行组装,注释和绘制基因组图谱,之后使用MISA和IRscope软件对叶绿体基因组特征进行分析,并使用PhyloSuite软件构建豆类分支系统发育树.结果表明:(1)猴欢喜叶绿体基因组全长157546 bp,GC含量为37.0%,包含一对25984 bp的反向重复区、大单拷贝区(87903 bp)和小单拷贝区(17675 bp).(2)在猴欢喜叶绿体基因组中有113个非重复基因,包括79个蛋白质编码基因、4个rRNA基因和30个tRNA基因;共检测到81个SSR位点,其中大部分是单核苷酸重复序列;通过IR边界区比较分析,发现日本杜英(Elaeocarpus japonicus)和猴欢喜在LSC/IRb和IRa/LSC边界上存在明显差异.(3)构建豆类分支叶绿体全基因组最大似然法系统发育树,猴欢喜同日本杜英亲缘关系最近,与酢浆草科(Oxaliadaceae)阳桃(Averrhoa carambola)、红花酢浆草(Oxalis corymbosa)和O.drummondii聚为一支,支持杜英科归于酢浆草目并且处在豆类分支中,且卫矛目、酢浆草目和金虎尾目演化支(COM分支)支持率高达100%.该研究基于猴欢喜叶绿体基因组进一步确定了杜英科和COM分支的系统地位.

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作者 王一麾 [1] 谢宜飞 [2] 张志翔 [3] 金佳怡 [1] 邱相东 [1] 童阳 [1] 学术成果认领
作者单位 赣南师范大学 生命科学学院,江西 赣州341000 [1] 赣南师范大学 生命科学学院,江西 赣州341000;赣南师范大学 南岭植物标本馆,江西 赣州341000 [2] 北京林业大学 生态与自然保护学院,北京100083 [3]
分类号 Q941
DOI 10.11931/guihaia.gxzw202102009
发布时间 2022-02-28
基金项目
国家自然科学基金(31110103911); 国家自然科学基金(J1310002)
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广西植物

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2022年42卷1期

39-48页

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