换一批小立碗藓泛素连接酶U-box家族的鉴定及表达分析
Genome-wide identification and expression analysis of E3 ubiquitin-protein ligase U-box family in Physcomitrium patens
摘要U-box家族编码E3 泛素连接酶能够特异性识别底物,从而调控蛋白的修饰和降解过程.为鉴定小立碗藓U-box家族成员,分析其生物学特征及基因表达规律,该研究基于小立碗藓的全基因组测序数据,通过生物信息学技术对泛素连接酶U-box家族成员的理化性质、进化关系、顺式作用元件、组织表达模式、胁迫响应等进行了分析.结果表明:(1)在小立碗藓全基因组中共鉴定得到 31 个U-box家族成员,并且不均匀地分布于 14 条染色体上;其分子量大小在 37.75～117.49 kDa之间,等电点介于 5.32～8.55 之间.(2)进化树显示,小立碗藓的U-box家族成员分布在Ⅰ-Ⅸ亚家族中,其中亚家族Ⅶ含有小立碗藓成员最多,共 11个(约占 36.67%),说明小立碗藓在历史进化过程中具有高度保守性且功能多样化.(3)经启动子分析发现,小立碗藓U-box家族成员具有结合GA和ABA等多个激素的元件.(4)组织表达分析发现小立碗藓U-box家族成员主要在绿丝体、轴丝体和孢子体S3 时期大量表达.(5)通过ABA、甘露醇和饱和LiCl处理后发现,配子体的拟茎均发生黄化且PpPUB21 的表达量均被显著诱导.推测小立碗藓U-box家族成员在生长发育和响应逆境胁迫中发挥着重要作用,这为后续深入研究小立碗藓U-box家族成员的基因功能研究奠定了理论基础,也为其相关研究提供了参考.
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关键词
小立碗藓U-box家族基因表达功能分析全基因组鉴定Physcomitrium patensU-box familygene expressionfunctional analysisgenome-wide identification
分类号
Q943（植物细胞遗传学）
栏目名称
DOI
10.11931/guihaia.gxzw202309005
发布时间
2024-10-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（32060587）
贵州省自然科学基金重点项目（ZK(2023)ZD026）
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