换一批摘要牡荆属(Vitex L.)广布于热带和亚热带地区,多为乔木或灌木,包含众多具有药用价值、观赏价值和生态价值的植物.为了解牡荆属的叶绿体基因组特征、系统位置及种间关系,该研究从头组装、注释获得穗花牡荆(V.agnus-castus)的叶绿体基因组,与牡荆属公布的 11 条叶绿体基因组序列进行基因组结构、密码子偏好性、高变区和重复序列分析,并进行系统发育分析.结果表明:(1)穗花牡荆叶绿体基因组呈典型的四段式结构,全长 154 444 bp,其中大单拷贝(LSC)区、小单拷贝(SSC)区、反向重复(IR)区长度分别是85 229、17 915、51 400 bp,编码 132 个基因,包含 87 个蛋白编码基因、37 个tRNA基因和 8 个rRNA基因.(2)牡荆属 12 个叶绿体基因组在长度、反向重复区边界位置、编码的基因及数目、GC含量方面均具有高保守性.(3)共检测到 31 个高频密码子和 6 个共有最优密码子,ENC-plot、PR2-plot和中性绘图分析表明密码子偏好性主要受自然选择的影响.(4)共检测到14 个叶绿体基因组高变区和519 个简单重复序列.(5)分子系统发育结果支持牡荆属隶属于唇形科牡荆亚科,而非马鞭草科.另外,系统发育推断也为存在争议的蔓荆(V.trifolia)、V.bicolor和单叶蔓荆(V.rotundifolia)之间关系的理解提供一定参考,建议将单叶蔓荆作为独立的种.该研究结果不仅丰富了穗花牡荆的遗传资源信息,增加了对牡荆属叶绿体基因组的理解,提供了牡荆属群体遗传学研究的候选分子标记,还证明了叶绿体基因组序列在牡荆属系统发育重建中的有效性.
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栏目名称
DOI
10.11931/guihaia.gxzw202307027
发布时间
2024-10-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
内蒙古自治区自然科学基金项目（2021BS03001）
内蒙古自治区高等学校科学技术研究项目（NJZZ20360）
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