换一批南酸枣转录组特征分析及SSR标记开发
Transcriptome characteristic analysis and SSR marker development of Choerospondias axillaris
摘要通过对南酸枣(Choerospondias axillaris)雌雄转录组特征进行分析及SSR标记开发,为其遗传评价和性别分子辅助育种提供理论支撑和科学依据.该文主要分析南酸枣雌雄转录组表达差异,SSR位点的分布及序列特征,在此基础上开展SSR位点挖掘,并进行SSR引物的开发和有效性验证.结果表明:(1)南酸枣转录组测序共获得40 341条Unigenes序列,总长度、N50长度、平均长度和GC含量分别为52 806 369 bp、2 409 bp、1 309 bp和38.75％;共筛选到1 949个雌雄差异表达基因,其中雄株比雌株显著上调的基因有1 052个,下调的基因有897个.(2)在所有Unigenes中共检测到5 251个SSR位点,619条Unigenes序列中含有2个及2个以上位点,SSR发生频率为11.18％,平均分布距离为10.06 kb;在所有SSR位点中,二核苷酸重复所占比例最高(46.95％),其次为三核苷酸重复(34.27％).(3)经筛选及有效性验证共得到20对SSR多态性引物,在85份资源中共检测到80个等位基因,平均多态性信息含量(PIC)为0.56.综上认为,南酸枣叶片转录组测序质量较高,组装效果较好.20对多态性引物为后期遗传评价、性别辅助育种及指纹图谱构建提供参考.
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关键词
南酸枣引物开发转录组SSR位点特征Choerospondias axillarisprimer developmenttranscriptomeSSRlocus characteristics
分类号
Q943（植物细胞遗传学）
栏目名称
DOI
10.11931/guihaia.gxzw202406022
发布时间
2025-05-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（32160387）
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