换一批高山植物唐古红景天叶绿体基因组特征及系统发育分析
Characteristics of chloroplast genome and phylogenetic analysis of alpine plant Rhodiola tangutica(Crassulaceae)
摘要为明确西北地区重要药用植物唐古红景天(Rhodiola tangutica)的叶绿体基因组结构特点、基因信息和系统发育关系,该研究利用Illumina NovaSeq6000 对基因组进行了测序,运用GeSeq、PGA、NOVOPlasty、IRscope、MISA等多种生物信息学分析软件对其结构、基因功能和亲缘关系进行分析.结果表明:(1)唐古红景天的叶绿体基因组呈四分体环状结构,由 82 121 bp LSC、16 996 bp SSC和 25 873 bp IR区构成,全长150 863 bp,总GC含量为 37.8%,IR 区 GC 含量最高(42.9%);编码 131 个基因,包括 85 个 PCGs、38 个tRNAs和 8 个rRNAs.(2)检测到 32 471 个密码子,其中编码半胱氨酸(Cys)最少(1.18%)、异亮氨酸(Ile)密码子占比最多(8.24%),29 种密码子的RSCU值均大于 1.(3)IR区分析显示,rps19 和ndhF均向IRB扩张.(4)系统发育分析表明,唐古红景天与四裂红景天(R.quadrifida)的亲缘最近,分歧时间估计显示红景天属(Rhodiola)物种的起源时间平均为15.50 Mya(95%HPD:6.0～21.0 Mya).该研究结果明晰了唐古红景天的叶绿体基因组特征,获得了红景天属物种较为合理的系统发育关系,为红景天属遗传多样性研究、适应性进化机制讨论以及种质资源保护等提供了理论依据.
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DOI
10.11931/guihaia.gxzw202308065
发布时间
2025-06-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
次青藏高原综合科学考察研究项目（2019QZKK0502）
青海省自然科学基金面上项目（2022-ZJ-913）
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