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棱枝槲寄生叶绿体基因组结构特征及系统发育分析

Chloroplast genome structure characteristics and phylogenetic analysis of Viscum diospyrosicola

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摘要为了阐明棱枝槲寄生(Viscum diospyrosicola)的叶绿体基因组特征并解析槲寄生属物种的亲缘关系,该研究基于Illumina高通量测序平台完成其叶绿体基因组的测序,并采用生物信息学分析方法进行组装、注释与比较基因组分析.结果表明:(1)棱枝槲寄生叶绿体基因组具有典型环状四分体结构,全长126 315 bp,总GC含量为36.40%,注释得到111 个基因,其中包括69 个蛋白编码基因、34 个tRNA基因和8 个rRNA基因,未检测到转录起始因子infA.(2)比较基因组分析结果显示,5 种槲寄生属物种叶绿体基因组LSC区变异率显著高于IR区,其中ycf1、ycf2、ycf3、atpA、rpoC2、rpoC1 等基因的编码区存在特异性变异,为分子标记开发提供潜在靶点.(3)密码子使用偏好性分析表明,密码子第 3 位碱基以A/U结尾为主,密码子使用模式主要受到自然选择的影响.(4)系统发育分析结果表明,主要分为桑寄生科和檀香科 2 个主要分支,棱枝槲寄生与枫香槲寄生聚为一支,亲缘关系最近.该研究首次解析了棱枝槲寄生叶绿体基因组特征,明晰了槲寄生属系统发育关系,以及为槲寄生属植物分子鉴定和系统发育相关研究提供理论依据.

作者张煜冰 ^[1] 曾晓丽 ^[2] 班启明 ^[3] 郑红军 ^[4] 邱建生 ^[5] 学术成果认领

作者单位贵州大学林学院,贵阳 550025 ^[1] 贵州大学林学院,贵阳 550025;贵定县人民政府宝山街道办事处,贵州贵定 551300 ^[2] 望谟县林业局,贵州望谟 552300 ^[3] 毕节市林业局,贵州毕节 551700 ^[4] 贵州大学林学院,贵阳 550025;贵州省林业科学研究院,贵阳 550011 ^[5]

关键词棱枝槲寄生槲寄生属叶绿体基因组序列比对密码子偏好性系统发育分析 Viscum diospyrosicola Viscum chloroplast genome sequence alignment codon usage bias phylogenetic analysis

分类号 Q943（植物细胞遗传学）

栏目名称

植物分类与系统进化专栏

DOI 10.11931/guihaia.gxzw202409026

发布时间 2026-01-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

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