换一批
换一批摘要披针叶野决明(Thermopsis lanceolata)具有饲用、有机肥料和药用等多重功效.采用Illumina高通量测序技术,借助K-mer分析工具,揭示了披针叶野决明基因组的多个分子遗传学特征,包括基因组大小、杂合度和GC含量等,此外,采用MISA工具进行SSR(Simple Sequence Repeats)特征分析,通过NT数据库(Nucleotide Database)进行BLAST比对,以探讨其物种多样性.研究结果显示,披针叶野决明的基因组大小为786.16 Mbp,测序深度为61.09×,重复序列比例为59.99%,杂合率为0.60%,GC含量为36.4%.通过对基因组序列进行SSR特征分析,共鉴定了72 357个SSR,其中单、二、三、四、五和六核苷酸重复模体分别占总重复模体数的49.34%,22.17%,18.08%,2.02%,0.70%和0.54%;从测序得到的350 bp文库中,提取前50 000条reads与NT数据库进行BLAST比对,发现披针叶野决明的近缘物种新疆野决明(Thermopsis turkestanica)和狭叶羽扇豆(Lupinus angustifolius)上的reads匹配率较高,分别占21.90%和15.46%.综合基因组调研和SSR特征分析显示,披针叶野决明为高杂合、高重复的复杂基因组,这为其资源保护和遗传多样性研究等工作提供遗传信息支撑.
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关键词
披针叶野决明高通量测序基因组SSR分子标记遗传多样性Thermopsis lanceolatahigh-throughput sequencingGenomeSSR molecular markerGenetic diver-sity
分类号
Q945.78
栏目名称
高原生态
DOI
10.16249/j.cnki.2096-4617.2023.03.002
发布时间
2023-11-08
基金项目
次青藏高原综合科学考察研究项目
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