换一批D1/D2、MLST及MALDI-TOF MS在新生隐球菌分类中的应用
Application Research of Phylogenetic Analysis of Cryptococcus podzolicus with D1/D2, MLST and MALDI-TOF MS
摘要目的:比较单一D1/D2区域测定、多位点测序分型技术(MLST)和基质辅助激光解吸-飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)在新生隐球菌(Cryptococcus podzolicus)及与之邻近的其他种属的分类研究的稳定性和可靠性.方法:挑选以Cryptococcus podzolicus为主及与之相邻的其他种和属的菌株共20株及1株outgroup模式菌株,运用酵母菌基因组提取试剂盒提取其DNA,PCR扩增5个管家基因(ITS,D1/D2,rpb1,rpb2,tef1)并测序,以Bayesian法(MrBayes3.2.1)、最大似然法、邻接法(MEGA 6.0软件)分别构建5个管家基因及D1/D2基因序列的系统发育树;应用MALDI-TOF-MS采集蛋白指纹图谱,在BrukerDaltonics数据库(BDAL)和CBS真菌保藏中心数据库信息的基础上,对20株菌进行聚类分型,构建聚类分型树状图.结果:3种方法所得树状图在种间的层面上,均出现了a、b、c3个分支;在种内的层面上,特别是a这一分支,均为Cryptococcus podzolicus,单一D1/D2区域所构建的系统发育树分化程度不大,各菌株间无明显的分类多样性,而MLST及MALDI-TOF MS所得到的树状图在种内均出现了明显的分类多样性及亲缘关系的差异性.结论:MLST及MALDI-TOF MS均可作为隐球菌属中菌株分类鉴别中有效的分子生物学方法,能可靠地揭示隐球菌属中各菌种的种间及种内的遗传进化关系,MALDI-TOF-MS比MLST则更为快捷准确.
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关键词
多位点测序分型基质辅助激光解吸飞行时间质谱新隐球菌分类法发育生物学进化multilocus sequence typingmatrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometryCryptococcus podzolicusclassificationdevelopmental biologyevolution
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2016-06-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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