41株戈登菌的系统发育学分析及其基因组功能的挖掘

Phylogenetic analysis and genomic function mining of 41 strains of genus Gordonia

二维码有效期 120s

摘要目的探讨41株戈登菌的系统发育学及其基因组中含碳水化合物活性酶、次级代谢产物生物合成基因簇的种类及多样性.方法以公开发表的41株戈登菌全基因组数据为研究对象,利用原核生物泛基因组学分析的自动化软件对泛基因组特征进行分析,结合直系同源蛋白分组对数据库、碳水化合物活性酶数据库和基因组次级代谢产物分析工具对基因组进行预测;提取19株戈登菌基因组DNA,采用16S小亚基核糖体RNA(16S rRNA)通用引物进行PCR扩增,并构建系统发育树.结果戈登菌基因组平均大小为4941636.42 bp,预测的基因数均数4370.46,G+C平均含量为67.25％,蛋白质编码区平均为4445.60;平均核苷酸多态性、DNA-DNA杂交值和16S rRNA基因序列分析表明戈登菌分类地位明确;戈登菌具有开放型泛基因组,核心基因组基因数目会稳定在1036个左右;所有菌株基因序列中含有丰富的糖基转移酶和糖苷水解酶;聚酮合酶、非核糖体肽合成酶和萜烯类生物合成基因簇在戈登菌属中占比较高,且土壤来源的菌株含生物合成基因簇最长.结论戈登菌基因组具有多样性,含丰富的碳水化合物活性酶,能产生多种抗菌和抗肿瘤的次级代谢产物.

作者郭鑫瑶 ^[1] 季晶焱 ^[1] 程敏 ^[1] 赵亮 ^[1] 曹荷清 ^[1] 王丰 ^[2] 李小兵 ^[3] 廖万清 ^[4] 李文均 ^[5] 康颖倩 ^[1] 学术成果认领

作者单位贵州医科大学基础医学院微生物学教研室,贵州贵阳 550025;贵州省微生物与人类健康关系研究人才基地 &贵州省普通高校病原生物学特色重点实验室,贵州贵阳 550025;贵州医科大学环境污染与疾病监控教育部重点实验室,贵州贵阳 550025 ^[1] 贵州省烟草科学研究院贵州省微生物与健康院士工作站,贵州贵阳 550000 ^[2] 贵州省赤水河畔酱酒研究中心,贵州贵阳 550003 ^[3] 上海市医学真菌分子生物学重点实验室,上海 200003;海军军医大学长征医院皮肤科,上海 200003 ^[4] 中山大学生命科学学院,广东广州 510275 ^[5]

关键词基因组戈登菌属 16S小亚基核糖体RNA 比较基因组功能预测次级代谢产物碳水化合物活性酶 genome Gordonia 16S ribosomal RNA comparative genome function prediction secondary metabolites carbohydrate-active enzyme

分类号 R379.1

栏目名称 基础研究

DOI 10.19367/j.cnki.2096-8388.2023.09.002

发布时间 2023-10-31

基金项目

高等学校学科创新引智计划 国家自然科学基金 贵州省第六批人才基地项目