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基于生物信息学的DNA甲基转移酶1相关差异基因筛选及其对AML细胞增殖、凋亡、侵袭的影响

Bioinformatics-based screening DNA methyltransferase 1-related differential genes and their effects on AML cell proliferation,apoptosis,and invasion

摘要目的 筛选新的DNA甲基转移酶1(DNMT1)相关基因并探讨其对AML细胞增殖、凋亡、侵袭的影响.方法 在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中检索AML患者数据,采用生物信息学分析方法筛选与DNMT1相关的差异表达激酶;采用小干扰RNA(siRNA)干扰技术干扰筛选出的细胞外调节蛋白激酶(ERK1)、同源结构域相互作用蛋白激酶2(HIPK2)及糖原合酶激酶3 β(GSK3β)表达,得si-ERK1、si-HIPK2及si-GSK3β细胞;取培养至对数生长期的AML细胞HL-60分为control组(无处理)、si-NC组(空白质粒转染)、si-ERK1组、si-HIPK2组及si-GSK3β组,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和流式细胞术分别检测细胞活力和凋亡率,采用实时荧光定量核酸扩增检测(RT-qPCR)和Western blot检测HIPK2、GSK3β、ERK1、信号转导及转录激活蛋白3(STAT3)、磷酸化STAT3(P-STAT3)、雅努斯激酶(JAK)、磷酸化JAK(P-JAK)、磷酸肌醇3-激酶(PI3K)、磷酸化PI3K(P-PI3K)、丝氨酸/苏氨酸激酶Akt(AKT)、磷酸化AKT(P-AKT)信使RNA(mRNA)及蛋白的表达.结果 生物信息学分析结果显示,低DNMT1与高DNMT1组AML患者细胞周期依赖性激酶1(CDK1)、酪蛋白激酶2α1(CSNK2A1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、MAPK14、CDK4、ERK1、HIPK2及GSK3β水平比较,差异有统计学意义(P<0.05),最终选择ERK1、HIPK2及GSK3 β进行后续研究;与control组和si-NC组比较,干扰HL-60细胞中HIPK2、GSK3β及ERK1蛋白表达下降(P<0.001);与control组和si-NC组比较,干扰HL-60细胞中ERK1、HIPK2或GSK3β的表达后细胞活力下降(P<0.05),细胞凋亡率上升(P<0.05);RT-qPCR结果显示,与control组和si-NC 组比较,干扰HL-60细胞中ERK1、HIPK2或GSK3β表达后STAT3、JAK、PI3K及AKT mRNA表达下降(P<0.05);Western blot结果显示,与control组和si-NC组比较,干扰HL-60细胞中ERK1、HIPK2或GSK3β表达后P-STAT3、P-JAK、P-PI3K及P-AKT蛋白水平降低(P<0.05).结论 筛选出新的DNMT1相关基因ERK1、HIPK2及GSK3β,其表达可抑制AML细胞增殖和侵袭、并促进细胞凋亡.

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