换一批基于流式细胞术和基因组概貌调查的兴义维蚋和五条蚋基因组分析
Genome analysis of Simulium xingyiense and Simulium quinquestriatum based on flow cytometry and genomic profile survey
摘要目的 测定兴义维蚋和五条蚋基因组大小,并估计其杂合度及重复序列.方法 采用流式细胞术测定贵州广布的两种蚋兴义维蚋和五条蚋的基因组大小,并用基因组概貌调查(genome survey)方法估计兴义维蚋基因组的杂合度和重复序列占比.结果 兴义维蚋的基因组大小为490.96 Mb,五条蚋的基因组大小为377.51 Mb;在基因组概貌调查显示,兴义维蚋基因组的有效数据为92.35 Gb,经K-mer分析估计(K=19)兴义维蚋基因组杂合度为1.386％,重复序列占89.67％,表明该物种属于超高杂合度、超高重复序列基因组;用K-mer分析得到兴义维蚋基因组大小为844.72 Mb,大于流式细胞术估算值,推测原因是杂合度较高,导致同源染色体的数据叠加.结论 获得兴义维蚋和五条蚋的基因组大小,估计了兴义维蚋基因组的杂合度和重复序列比例.
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关键词
蚋科基因组大小流式细胞术基因组概貌调查K-mer分析Simuliidaegenome sizeflow cytometrygenome profile surveyK-mer analysis
分类号
Q963（昆虫遗传学）
栏目名称
DOI
10.19367/j.cnki.2096-8388.2025.09.005
发布时间
2025-11-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（31860324）
贵州医科大学国家自然科学基金培养项目（20NSP018）
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