换一批高质量竹黄菌全基因组DNA的提取方法比较
Extracting Method of High-quality Genomic DNA from Shiraia bambusicola for Whole Genomic Sequence Analysis
摘要真菌的细胞壁,增加了提取基因组DNA的难度,为找到满足竹黄菌全基因组序列分析的高质量DNA的提取方法,分别使用改良CTAB法、蛋白酶K法和高盐沉淀法提取竹黄菌菌丝体的基因组DNA,并进行琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计测定浓度和纯度、ITS序列的PCR扩增和酶切检测.结果表明:3种方法提取等量竹黄菌菌丝体的基因组DNA,蛋白酶K法和高盐沉淀法均能得到较为完整的且大于15 kb的DNA,改良CTAB法DNA发生降解;通过PCR和酶切检测,3种方法所得基因组DNA均能有效地进行相应的酶反应.综合考虑基因组DNA的浓度、纯度、完整性和有无降解等,蛋白酶K法提取得到的基因组DNA(浓度为233.495 ng/μL,OD260/OD280为1.806)最适用于全基因组的序列分析.
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关键词
竹黄菌改良CTAB法蛋白酶K法高盐沉淀法全基因组测序Shiraia bambusicolamodified CTAB methodProteinase K methodhigh-concentration-salt precipitationwhole genome sequencing
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1001-3601.2015.12.006
发布时间
2016-03-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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