换一批基于全基因组鉴定与分析金钗石斛GRAS基因家族
Identification and Analysis of Dendrobium nobile GRAS Gene Family Based on Genome-wide
摘要[目的]探明金钗石斛(Dendrobium nobile)GRAS基因家族的结构与功能,为研究GRAS家族在金钗石斛生长发育过程中的功能提供参考.[方法]采用全基因组鉴定及分析技术对金钗石斛GRAS家族成员进行鉴定,并进行生物信息学和基因表达模式分析.[结果]金钗石斛基因组中有53个GRAS基因(DnGRAS1～DnGRAS53),大部分GRAS基因不含有内含子,仅DnGRAS1、DnGRAS5、DnGRAS9、Dn-GRAS10、DnGRAS19、DnGRAS37 6 个 GRAS 基因有内含子,分布在 PAT1、LISCL、SHR、SCR 4 个亚族当中;金钗石斛GRAS基因不均匀的分布在染色体上,普遍存在于基因密度较高的区域,并未出现染色体内的串联重复现象,其中,仅有16对GRAS基因具有共线性,具有高度同源性;GRAS基因含有赤霉素响应、低温响应、生长素响应、防御与应激响应等与生长发育相关的顺式作用元件.DnGRAS21和DnGRAS39 基因在根中表达最高,在茎、叶、花中也有不同程度表达.[结论]GRAS家族基因在根部表达量较高.推测GRAS家族基因可能在根中起重要的调控作用,从而影响金钗石斛根的生长发育.
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