换一批计算机模拟筛选坛紫菜中新型冠状病毒主蛋白酶抑制肽
Screening for Novel SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitory Peptides from Porphyra haitanensis via Computer Simulation
摘要新型冠状病毒感染(COVID-19)在我国的疫情流行和病亡数得到控制,但该病毒仍具有感染性和传播性,抑制新冠病毒主蛋白酶(SARS-CoV-2 Mpro)的活性能够降低感染病毒的概率.该研究从坛紫菜蛋白质中筛选出对SARS-CoV-2 Mpro具有抑制作用的多肽.通过文献检索搜集到29种坛紫菜蛋白质,结合其预测的理化性质及潜在致敏性筛选出10种具有代表性的坛紫菜蛋白,对10种坛紫菜蛋白进行模拟胃肠道水解筛选出(2≤肽段长度≤5)肽段后,对坛紫菜源多肽的理化性质进行预测筛选,得到21条亲水、无毒且无潜在致敏性的肽段作为配体,以SARS-CoV-2 Mpro为受体,采用分子对接技术筛选与靶蛋白有较好亲和作用的生物活性肽,通过2D和3D可视化分析生物活性肽与靶蛋白的结合模式及相互作用.结果发现,部分活性肽可进入靶蛋白的活性中心,且通过氢键作用、兀键作用以及烷基作用与SARS-CoV-2 Mpro结合.其中,结合分数最高的多肽是DGSF(145.441),其次是DQF(143.819)和DGPW(141.446),表明多肽对SARS-CoV-2 Mpro具有潜在抑制作用.综上所述,坛紫菜蛋白质具备作为后疫情时代营养补充剂的潜力.
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关键词
坛紫菜生物活性肽新冠主蛋白酶计算机模拟分子对接Porphyra haitanensisbioactive peptidesSARS-CoV-2 Mprocomputer simulationmolecular docking
栏目名称
DOI
10.13982/j.mfst.1673-9078.2025.5.0350
发布时间
2025-06-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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