换一批分子对接技术筛选抗HIV-1逆转录酶活性化合物
Screening of Active Compounds Against HIV-1 Reverse Transcriptase Based on Molecular Docking
摘要【目的】通过分子模拟和活性测试筛选非核苷类抗人类免疫缺陷病毒-1（HIV-1）逆转录酶活性化合物。【方法】采用Tripos SYBYL软件Surflex-Dock分子对接模块，模拟SPECS数据库中22000个化合物与HIV-1逆转录酶活性口袋的结合，根据模拟结果分析化合物与HIV-1逆转录酶晶体结构的相互作用模式。对于打分较高与结合模式较优的化合物，采用体外抗HIV-1活性测试方法检测其生物活性。【结果】虚拟筛选结果显示化合物1-（4-fluorophenyl）-3-[2-（1H-indol-3-yl） ethyl] thiourea对接构象与晶体结构中内嵌配体非常接近，它与HIV-1逆转录酶结合口袋重要残基Lys101形成氢键、与保守残基Trp229和芳香残基Tyr181分别形成π-π堆积作用。体外抗HIV-1活性测试结果显示其抑制HIV-1I IB病毒感染的C8166淋巴细胞合胞体形成50%时的浓度即EC50值为5.45μg/mL。【结论】分子对接技术能缩小活性化合物筛选范围，并可用于预测化合物与蛋白质的相互作用模式，本研究利用该技术筛选出活性化合物。
更多相关知识
医学主题词
RNA指导的DNA聚合酶(RNA-Directed DNA Polymerase)方法(Methods)晶体(Lens, Crystalline)目的(Goals)分子模拟(Molecular Mimicry)
分类号
R512.91（传染病）
栏目名称
DOI
10.13359/j.cnki.gzxbtcm.2015.04.032
发布时间
2015-08-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
- 浏览296
- 被引10
- 下载12
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
