换一批摘要随着高通量测序技术的发展,产生了大量全基因组序列数据.为提升非比对算法在构建全基因组序列进化关系方面的灵敏度和准确性,选择合适的k-mer模体数目十分重要.综述了 4类基于k-mer特征集的非比对计算方法:k-mer频率、k-mer间隔分布、k-mer与机器学习结合以及k-mer频谱.这些非比对算法在选择k-mer模体数目时具有一定的随意性,从而降低了其作为物种分类标准的可靠性.基于k-mer频谱特征的方法,能够筛选出与基因组进化密切相关的k-mer客观特征集合,这为更加客观表征物种进化关系提供了有效方法.
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关键词
非比对算法全基因组序列k-mer特征集合进化关系Alignment-free algorithmWhole genome sequencesK-mer feature setEvolutionary relationship
分类号
Q61（理论生物物理学）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1673-1492.2025.01.005
发布时间
2025-07-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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