基于生物信息学方法识别影响结直肠癌进展的房颤基因
Bioinformatics-based identification of atrial fibrillation genes impacting colo-rectal cancer progression
摘要目的 通过基因表达数据分析与心房颤动(atrial fibrillation,AF)和结直肠癌(colorectal cancer,CRC)相关的关键基因(hub genes).方法 数据来自基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)的数据集GSE14975和GSE83889.使用Limma软件包筛选具有统计参数P<0.05和|fold change(FC)|>1 的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).并对 AF 与 CRC 交集的 DEGs进行功能富集分析,进一步通过构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络获得与两种疾病相关的关键基因并进行预后分析.结果 从GSE14975和GSE83889数据集分别识别了 558和1 618个DEGs,其中有22个共享DEGs.基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析显示,差异基因参与的生物过程包括钙离子传输和T细胞受体信号传导.基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的通路富集分析表明,差异基因显著富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号通路.PPI网络分析确定了 14个蛋白节点和13条边,使用Cytohubba确定了 6个关键基因.其中C-X-C基序趋化因子配体1(C-X-C motif chemokine ligand 1,CXCL1)和前血小板碱性蛋白(pro-platelet basic protein,PPBP)与多种疾病显著相关,并在CRC中表达上调.受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC 曲线)分析显示,CXCL1 的诊断效率较高,曲线下面积(area under the curve,AUC)>90%.生存分析表明,CXCL1与CRC的预后相关.结论 本研究确定了与AF和CRC相关的关键基因,其中CXCL1可作为AF与CRC共病的潜在生物标志物,其调控的炎症通路或可成为跨疾病治疗靶点.
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