肝细胞癌中HIF-1α依赖性的ATP2C1过表达指示不良预后
HIF-1α-dependent ATP2C1 Overexpression in Hepatocellular Carcinoma Predicting a Poor Prognosis
摘要缺氧诱导因子(hypoxia-inducible factor,HIF)与肝细胞癌的发生发展相关.HIF-1α在包括肝细胞癌在内的多种癌症类型的发生发展中发挥着重要作用,但其在肝细胞癌中的靶基因尚未完全确定.为找到HIF-1α在肝癌中新的致癌靶点,通过整合HIF-1α敲除的RNA-seq数据,HIF-1 α的ChIP-Seq数据,HIF-1α在肝癌中的共表达基因,以及肝癌相关的GEO(Gene Expression Omnibus)数据集,寻找HIF-1α的潜在靶基因.通过分析TCGA(The Cancer Genome Atlas)肝癌数据库、GEO和HPA(Human Protein Atlas)数据集,研究HIF-1α与ATP2C1的相关性,ATP2C1在肝癌中的表达及预后.通过建立物理和化学(氯化钴)缺氧模型验证ATP2C1与低氧及 HIF-1α 的关系.通过 GO(Gene Ontology),KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Ge-nomes)和GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)分析探索ATP2C1的生物学功能.通过设计体外实验证实ATP2C1对HCC的作用.利用STRING和BioGRID两个蛋白互作在线数据库获得ATP2C1的互作蛋白,并研究其在肝癌中的表达及相关性.通过整合及筛选数据,ATP2C1被鉴定为一个HIF-1α的潜在靶基因.ATP2C1与HIF-1α高度相关,在肝细胞癌中高表达,且伴随有不良预后.富集分析与体外实验的结果表明ATP2C1参与调控HCC细胞的增殖迁移.蛋白互作数据表明ATP2C1与TMEM165存在互作关系,生存分析表明TMEM1651高表达的肝癌患者预后较差.相关性分析的结果显示ATP2C1与肝癌中TMEM165和MMP2的表达高度相关,表明ATP2C1可能与TMEM165和MMP2存在互作关系,并参与了肝癌的进展过程.结果表明,ATP2C1是HIF-1α的靶基因和肝细胞癌的生物标志物,其敲低抑制了 HCC的增殖和迁移.
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