基于cBioPortal数据库的TP53突变型和野生型结直肠腺癌的临床病理和基因突变谱差异性研究

Research on the differences of clinicopathology and gene mutation spectrum in TP53 mutant and wild-type colorectal adenocarcinoma based on cBioPortal database

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摘要目的研究抑癌基因TP53突变型和野生型结直肠腺癌的临床病理和基因突变谱差异.方法从cBioPortal数据库下载TCGA结直肠腺癌数据资料(GDAC Firehose),根据抑癌基因TP53突变状态将其分为突变型和野生型2种亚型.统计分析2种亚型的临床病理特征差异和基因突变谱差异,并分析差异基因及差异基因蛋白的相互作用.结果 220例结直肠腺癌中有120例肿瘤存在TP53基因突变,突变率为54.5％.临床病理特征分析结果显示,TP53基因突变多发于左半结肠和直肠,基因组变异片段>5％的例数显著增多,而高突变负荷的肿瘤比例显著减少(P<0.05).LRP1B、FAT4、FBXW7、PIK3CA等25个基因在TP53野生型结直肠癌中的突变率明显增高,String分析表明基因EP300、KMT2A、CREBBP、NOTCH之间存在紧密连接,基因BRAF、PIK3CA、PDGFRA、VAV1之间存在紧密连接.基因本体(GO)功能注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析发现,差异基因主要与DNA结合、转录调控等分子功能相关,并主要富集在PDGFR、EGFR、VEGFR、PI3K等信号通路.结论除发生部位外,TP53突变型和野生型结直肠腺癌存在相似的临床病理形态学特征.但TP53突变型结直肠癌更容易发生染色体不稳定性;而TP53野生型结直肠癌突变负荷增高,可通过产生新的基因突变,激活非p53信号通路促进肿瘤生长.