换一批同类提取法结合序列向前法预测大鼠肝再生的关键基因
Predicting Rat Hepatocyte Key Genes in Liver Regeneration by Same Kind Extraction Method Coupled with Sequential-forward-selection Method
摘要从生物高通量检测数据中挖掘关键基因/蛋白是生物信息学的重要研究内容.用大鼠基因组表达谱芯片Rat Genome 2302.0检测大鼠肝再生中肝细胞的基因表达丰度和计算它们与对照的比值（ratio值），用F检验发现， Ccne1、Eg f、Met等8419个基因与大鼠肝再生相关.用过滤法从中筛选出3202个差异基因，用同类提取法从差异基因筛选出1000个特征基因.取前100个特征基因作为初选基因，进一步用序列向前法计算发现，Ccnd1、Grin2a、Spsb4等7个基因满足肝再生候选关键基因的条件.再用同类提取法分析发现，上述7个基因中，Ccnd1和Agtr1的关联度≥100，且文献报道与肝再生相关，当属关键基因.用机器学习法检验关键基因的正确性发现，同类提取法结合序列向前法预测的关键基因正确率达97%以上.因此，用该方法预测关键基因切实可行，值得推广应用.
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关键词
大鼠肝再生基因表达丰度序列向前法同类提取法关键基因rat liver regenerationgene expression abundancesequential-forward-selection methodsame kind extraction methodkey genes
分类号
Q332（人工选择与自然选择）
DOI
10.3969/j.issn.1004-3918.2013.07.011
发布时间
2013-09-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家重点基础研究发展计划（973计划）（2010CB534905）
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