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全州禾花鲤皮肤转录组特征分析

Transcriptome Characteristics Analysis of Skin of Cyprinus carpio var.Quanzhounensis

摘要为探究全州禾花鲤乌褐色、半透明的经济体色性状,发掘全州禾花鲤的皮肤基因信息,以全州禾花鲤的皮肤组织为研究对象,利用高通量测序技术进行转录组比较分析.结果显示,全州禾花鲤和建鲤(对照)的皮肤组织转录组测序获得37066778~58708166条clean reads,Q30在94.96%以上,GC碱基比例在51.00%左右;发现新基因10537个,检测出单核苷酸多态性(SNP)位点1278906个、插入缺失(InDel)位点80238个.筛选显著差异基因11717个,其中上调基因5133个,下调基因6584个.GO注释到56个二级分类,显著富集的GO条目127个,主要集中在生物学过程和细胞组分;KEGG分析获得显著富集通路60个;网络分析结果显示,以代谢途径(Metabolic pathways)、p53信号通路(p53 signaling pathway)和细胞周期(Cell cycle)通路作为网络核心,与众多KEGG通路关联且相对独立.

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作者 许艺兰 [1] 文露婷 [2] 黄姻 [2] 陈忠 [2] 覃俊奇 [2] 潘贤辉 [2] 周康奇 [2] 林勇 [2] 邓潜 [2] 武霞 [2] 杜雪松 [2] 学术成果认领
作者单位 广西壮族自治区水产科学研究院 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,广西 南宁 530021;广西壮族自治区兽医研究所 广西兽医生物技术重点实验室,广西 南宁 530001 [1] 广西壮族自治区水产科学研究院 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,广西 南宁 530021 [2]
分类号 S917.4
栏目名称
DOI 10.15933/j.cnki.1004-3268.2023.06.016
发布时间 2023-07-25(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
基金项目
广西自然科学基金项目(2020GXNSFBA297146); 国家自然科学基金(31960730); 广西特色淡水鱼产业创新团队项目(nycytxgxcxtd-2021-08)
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