换一批基于BSA-seq的拟南芥辐射诱变突变体的基因定位
Gene Mapping of a Radiation-Induced Arabidopsis Mutant Using BSA-seq Based Strategies
摘要辐射诱变极易导致染色体结构变异,目前鲜有采用BSA-seq方法定位辐射诱变突变体基因的研究报道.为探索BSA-seq用于辐射诱变突变体的基因定位的可行性,本研究通过辐射诱变筛选得到一个拟南芥突变体,将其与亲本杂交,在F2代分离群体中根据表型筛选单株,构建两个极端表型的子代混池;将两个子代混池与亲本混池进行全基因组测序,使用MutMap、QTL-seq和GPS等多种BSA-seq定位策略对其进行定位分析.结果表明,多种BSA-seq定位策略均取得了一致的结果,在2号染色体上获得7 Mb的初步定位区间;使用IGV软件对该区间内的基因组进行可视化,发现该区间内存在25 189 bp的大片段缺失,缺失区段包含6个基因;通过SnpEff进行突变位点注释,经基因注释信息推测AT2G28610为候选基因;通过遗传学试验验证了该候选基因为突变基因.本研究结果为应用BSA-seq技术定位辐射诱变得到的突变位点提供了参考.
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栏目名称
DOI
10.11869/j.issn.1000-8551.2023.10.1905
发布时间
2023-09-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（32270867）
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