基于生物信息学分析SPP2在肝癌发生过程中的作用
SPP2 plays a role in the tumorigenesis of hepatocellular carcinoma:A bioinformatic based analysis
摘要目的:分期一致的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者其预后可能不同,其分子生物学机制仍不明确.本研究旨在鉴定影响肝癌预后的关键核心基因.方法:在TCGA-LIHC和GSE14520数据集中,对HCC样本与正常样本、总生存期(overall survival,OS)长与OS短的患者进行差异表达基因分析.采用Kaplan-Meier法结合log-rank检验评价分泌型磷蛋白2(secreted phosphoprotein 2,SPP2)在HCC患者预后中的作用;基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)了解SPP2分层的HCC亚组间富集信号通路的差异;基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析预测SPP2可能参与的信号分子通路.结果:与正常组织相比,肿瘤组织中分泌的SPP2明显下调,且与长OS相比,短OS肿瘤样本中分泌的SPP2明显下调[表达倍数>2和伪发现率(false discovery rate,FDR)<0.05].SPP2低表达与较差的临床病理特征相关,如血管侵犯(P=1.6e-05)、较差的肿瘤状态(合并肿瘤)(P=0.021)、较晚期的T期(T3或T4期)(P=4.5e-04)、较晚期的TNM期(Ⅲ或Ⅳ期)(P=3.1e-04)、较差的预后(较短的生存期)(P=0.002).基因富集分析表明SPP2可能参与了HCC的代谢稳态以及肝纤维化和肝硬化的发生、发展.结论:SPP2可能抑制肝纤维化和肝硬化的发展以及HCC的肿瘤发生,且SPP2类似物可能是预防肝硬化和肝细胞癌发生的潜在药物.
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