结合多组学和机器学习构建多发性骨髓瘤疗效预测模型
Construction of a treatment response prediction model for multiple myeloma based on multi-omics and machine learning
摘要目的:多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)是浆细胞恶性克隆性增殖的血液系统肿瘤,目前无法治愈,其中原发难治性多发性骨髓瘤(primary refractory multiple myeloma,PRMM)患者对初次诱导治疗的疗效较差.本研究旨在构建预测新诊断多发性骨髓瘤(newly diagnosed multiple myeloma,NDMM)患者疗效的机器学习模型,推动MM患者的治疗.方法:收集2022年8月至2023年7月在中南大学湘雅三医院血液内科住院的NDMM患者和治疗后MM 患者,治疗后MM患者按疗效分为PRMM患者和治疗有效MM患者(treatment response multiple myeloma,TRMM).采用代谢组学检测其血清代谢物.基于代谢组学分析结果,结合数据库的NDMM 患者转录组测序数据,筛选NDMM患者治疗后不同疗效患者间差异表达的氨基酸代谢相关基因(amino acid metabolism-related genes,AAMGs).利用生信分析和机器学习算法,构建预测NDMM患者疗效的模型,用于筛选PRMM患者.结果:共收集61例患者,其中22例NDMM患者、23例TRMM患者和16例PRMM患者.3组患者体内代谢物水平存在差异,差异代谢物主要富集在氨基酸代谢通路.22例NDMM患者中追踪到16例的治疗效果,其中12例为初诊的TRMM患者(ND_TR组),4例为初诊的PRMM患者(newly diagnosed_primary refractory,ND_PR组),2组筛选出23个差异代谢物,在ND_PR组中,色氨酸等6个代谢物上调,柠檬酸等17个代谢物下调.最后基于数据库中TRMM(108例)和PRMM(77例)患者的测序数据获取不同疗效患者间差异表达的AAMGs,构建了疗效预测模型.模型曲线下面积(area under the curve,AUC)>0.8,3个外部验证队列AUC>0.7.结论:本研究描述了不同疗效MM患者间体内代谢物水平的变化,揭示氨基酸代谢失调可能与PRMM患者诱导治疗后疗效欠佳相关,同时结合代谢组学和转录组学,利用机器学习算法成功构建了NDMM患者的疗效预测模型.
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