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利用生物信息学分析CALHM2在非小细胞肺癌中的表达及临床意义

Evaluating Expression and Clinical Value of CALHM 2 in Non-small Cell Lung Cancer Through Bioinformatics Data Analysis

摘要[目的]基于TCGA及GEO等数据库收录肿瘤高通量数据,分析钙稳态调节家族蛋白2(CAL-HM2)等CALHMs家族基因在非小细胞肺癌癌(NSCLC)中的表达及临床价值.[方法]利用Oncomine,GEPIA及UALCAN等在线工具分析和验证CALHMs(CALHM1-6)家族基因在NSCLC的表达水平;利用Human protein Atlas(HPA)分析CALHM2在NSCLC中的蛋白水平和定位;利用GEPIA和UALCAN分析CALHM2表达水平与NSCLC癌患者病理分期、淋巴结转移、p53突变和吸烟史的相关性;利用UALCAN分析CALHM2启动子甲基化水平;利用Kaplan-Meier Plotter分析CALHM2表达水平与NSCLC患者总生存期(OS),首次进展生存期(FP)及进展后生存期(PPS)的相关性;利用LinkedOmics分析NSCLC中与CAL-HM2表达的显著相关的基因,并利用Metascape进行GO功能富集.[结果]CALHM2在NSCLC组织中的表达水平显著下调;在NSCLC组织中CALHM2蛋白水平也显著降低.CALHM2表达水平与NSCLC患者病理分期、淋巴结转移、p53突变和吸烟史无显著相关性.Kaplan-Meier Plotter分析结果显示,CALHM2高表达的NSCLC患者的OS和FP均显著优于CALHM2低表达患者.LinckedOmics共筛查得到265个与CALHM2显著相关基因,且Metascape富集分析显示CALHM2相关基因显著富集于淋巴细胞活化和迁移,免疫激活相关过程、细胞因子释放调控等过程.[结论]在NSCLC中CALHM2表达显著下调,其可作为NSCLC患者预后的判断标志物.

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作者 刘洁 [1] 黄伟 [2] 王磊 [3] 学术成果认领
作者单位 南华大学附属长沙中心医院,湖南 长沙 410004 [1] 中南大学湘雅医院,湖南 长沙 410008 [2] 中南大学基础医学院,湖南 长沙 410008 [3]
分类号 R730.26
栏目名称
DOI 10.3969/j.issn.1671-7171.2021.02.006
发布时间 2021-04-19
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医学临床研究

医学临床研究

2021年38卷2期

179-184,188页

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