基于生物信息学分析TP63在乳腺癌中的表达及预后意义
Expression and prognostic significance of TP63 in breast cancer based on bioinformatics analysis
摘要目的:探索肿瘤蛋白63(TP63)在乳腺癌(BRCA)中的表达,分析其预后价值并为BRCA患者的治疗决策作出贡献.方法:利用TCGA、GSE93601和HPA数据库分析BRCA组织中TP63 mRNA和蛋白质表达水平,并分析其与临床病理特征的关系.通过Kaplan-Meier生存分析及单因素和多因素Cox回归分析探究TP63表达对BRCA患者预后的影响.使用Limma包分析TP63高表达组和低表达组的差异表达基因并采用富集分析预测BRCA中TP63相关的功能和通路.使用SMART、cBioPortal和MethSurv工具研究BRCA中TP63 DNA甲基化状态.采用CIBERSORT算法研究BRCA中免疫细胞浸润水平与TP63表达的相关性.采用Spearman相关性分析评估TP63表达与DNA甲基化相关基因及免疫相关生物标志物表达的相关性.结果:TP63表达在BRCA中显著降低,并且与不良病理特征和不良预后相关.富集分析显示TP63参与细胞因子-细胞因子受体相互作用、紧密连接、激素信号通路、白细胞经内皮层迁移和细胞黏附分子等过程.TP63低表达可能与胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(CpG)甲基化增强相关.分析TCGA转录组数据发现,TP63高表达组的免疫细胞浸润和免疫相关生物标志物表达增加,这可能表明高表达组对免疫疗法的反应更为有利.结论:TP63在BRCA组织中低表达,有望作为独立预测BRCA预后的生物标志物,协助BRCA患者的诊断和治疗决策.
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