SARS-CoV 5'UTR在基因转录中的启动子活性
Promoter Activity of SARS Coronavirus 5' UTR Sequence in Eukaryotic Cells
摘要目的了解SARS-CoV不同毒株5'UTR RNA的构成特点和差异及其空间结构;研究该序列在真核细胞中的启动子活性.方法用软件DNASrar-MegAlign和BLAST分析SARS-CoV5'UTR序列同源性、RNADraw3.0预测二级结构;构建5'-UTR cDNA序列驱动的荧光素酶基因表达质粒pGL3-5'UTR,转染HepG2细胞,检测萤火虫荧光素酶的表达;构建一套缺失突变质粒,使其分别3'端残留三个、两个、一个和零个(完全缺失)茎环,检测报告基因的表达;采用5'RACE,查找转录起始位点;将pGL3-5'UTR转染A549、HepG2、VeroE6、HeLa和ECV304,检测报告基因的表达差异.结果SARS-CoV 5'UTR全长为264nt,18株有缺失突变均位于5'端.101个SARS-CoV 5'UTR序列中,共发现5个点突变位置;SARS-CoV 5'UTRRNA可形成稳定的二级结构.Stem-loop-Ⅱ含多个茎环结构,形成复杂的假结;pGL3-5'-UTR有明显的萤火虫荧光素酶表达;当4个茎环都具备时,荧光素酶相对活性是SV40启动子的约43%;失去第一个茎环后,是SV40启动子的约45%;而失去前两个后,则不表达荧光素酶;转录起始位点在SARS-CoV 5'UTR的第56位核苷酸;在五种不同细胞中,表达强度由高到低依次是:A549、HepG2、ECV304、HeLa和Vero E6.结论①SARS-CoV 5'UTR序列保守,二级结构可形成4个茎环结构域;②SARS-CoV 5'UTR有启动子活性;③在二级结构中,与启动子活性有关的结构域在前两个茎环;④SARS-CoV 5'UTR在调控基因转录时,第56位核苷酸及其下游的TRS具有重要作用;⑤多种组织或器官都可为SARS-CoV 5'UTR发挥启动子功能提供辅助因子,而以肺源性细胞最为适合.
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