换一批2009年江西省新分离流行性乙型脑炎病毒株全基因组分子生物学特性研究
Molecular characteristics of full-length genome of Japanese encephalitis virus strain (JX0939) newly isolated in Jiangxi province
摘要目的 对2009年分离自江西省蚊虫标本的流行性乙型脑炎(乙脑)病毒JX0939株进行全基因组序列测定,分析其基因组特征.方法 使用针对乙脑病毒全基因组测序引物进行PCR扩增基因组片段,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列.利用生物信息学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒IX0939株基因组全长10965个核苷酸,从97位到10 392位,共10296个核苷酸编码-个开放阅读框,编码3432个氨基酸.与GenBank中登录的所有59株乙脑病毒全基因组序列比较发现,其核苷酸总体差异率为1%～17%,氨基酸总体差异率为0.1～5%.与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2株相比较,只有88%的核苷酸同源性,全基因组共存在1237个核苷酸差异,83个氨基酸差异.提取GenBank登录的及本实验室测定的不同省份的乙脐病毒全基因组序列,进行全基因组序列系统进化分析显示JXCY939株属于基因1型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒JX0939株属于基因1型,与2007年中国分离株SHl7M-07进化关系最接近,与疫苗株SA-14-14-2相比关键位点氨基酸未见变异.
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R512.32
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DOI
10.3784/j.issn.1003-9961.2010.02.012
发布时间
2010-06-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家科技都重大传染病专项（2003BA712A08-01）；
中美新发和再发传染病合作项目（U10-GH000004）
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