换一批摘要目的 探究在人胶质瘤细胞系LN229中异柠檬酸脱氢酶1基因(IDH1)对RNA结合蛋白(RBPs)表达的影响.方法 首先通过慢病毒感染构建IDH1稳定敲低和对照组LN229细胞株,分别对两组细胞株进行转录组测序(RNA-seq),利用limma包分析差异表达基因(DEGs)及其富集通路;然后通过string比对RBP数据库筛选出差异表达的RBPs,构建蛋白相互作用网络并挑选出候选RBPs;最后在IDH1敲低、过表达和R132H突变的细胞系中进行表达量验证.结果 在IDH1敲低的LN229细胞株中,利用RNA-seq共筛选到259个DEGs,其中146个表达上调,113个表达下调;这些DEGs中包括14个编码RBP的基因,其中9个RBPs均为干扰素通路相关基因,并且具有密切的相互作用;与对照组相比,IDH1敲低时这9个RBPs表达水平均显著上调(P<0.001),IDH1过表达时仅IFIT3表达显著下降(P<0.01),而IDH1突变时IFIT3的表达水平的改变无统计学意义.结论 在人胶质瘤细胞系LN229中,IDH1可调控干扰素通路相关基因IFIT3的表达.
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