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基于psbA-trnH序列的苗药金果榄及其混伪品分子鉴定

Molecular Identification of Miao Ethnicity Medicine Tinosporae Radix and Its Mixed Counterfeits Based on psbA-trnH Sequence

摘要目的 利用DNA条形码技术对苗药金果榄原植物青牛胆及其混伪品进行分子鉴定,评价psbA-trnH序列鉴定金果榄的能力.方法 采用试剂盒法提取青牛胆及其近缘品种、易混品种的总DNA,PCR扩增其psbA-trnH序列并进行双向测序,利用CodonCode Aligner软件拼接,Clustal X 2.1 对序列进行多重比对,GeneDoc中生成多重序列比对图,利用MEGA 11 计算并分析种内和种间遗传变异以及构建系统发育树.结果 共分析出 9 个物种 36 条psbA-trnH序列(实验获取序列青牛胆 4 条、易混品种 3 条,另从NCBI下载相关序列 27 条),实验获取序列扩增和测序成功率均为 100%,引物通用性较好;青牛胆与该属其它植物序列之间存在大量的插入、缺失、转换和颠换现象;最大种内遗传距离 0.204 5 大于最小种间遗传距离 0.135 3,但其种内平均距离为 0.085 1 远小于种间平均距离为 0.420 5;Barcoding gap中其种间、种内遗传距离存在一定程度重叠,但重叠部分较小且分布趋势明显.构建的NJ系统发育树中能有效将青牛胆与研究中其它物种聚类区分开.结论 psbA-trnH序列可作为鉴别金果榄及其混伪品的有效辅助手段.

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