基于转录组测序探索IDH1突变促进胶质瘤血管生成的机制
Exploring the mechanism of IDH1 mutation in promoting glioma angiogenesis through transcriptome sequencing
摘要目的 探讨异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)突变对胶质瘤血管生成的影响,筛选并验证相关的差异表达基因.方法 收集2020年1月-2023年12月宁夏医科大学总医院收治的胶质瘤病理标本198例,采用免疫组化(IHC)染色检测IDH1突变和血管生成相关因子CD34、血管内皮生长因子(VEGF)的阳性表达率,采用qPCR检测血管生成相关调控因子[VEGFA、SRY相关高迁移率族盒蛋白18(SOX18)等]表达水平.以多西环素诱导的IDH1突变U87胶质瘤细胞为IDH1突变组,未诱导的U87细胞为对照组;转录组测序(RNA-seq)比较两组细胞的基因表达谱差异,基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析差异表达基因及其对相关信号通路的影响;采用Western blotting和qPCR分析血管生成相关因子[E26转录因子1(ETS1)、VEGFC等]的表达差异.结果 IHC染色结果显示,198例胶质瘤患者的病理标本中,IDH1突变阳性102例(51.5%);IDH1突变阳性者的CD34和VEGF阳性表达率明显增高(P<0.05).qPCR检测结果显示,与对照组比较,IDH1突变组U87细胞血管生成相关基因VEGFA、SOX18、骨形态发生蛋白(BMP6)、肝配蛋白A2(EFNA2)、Wnt家族成员1(WNT1)mRNA表达水平升高(P<0.05),Rap鸟嘌呤核苷酸交换因子4(RAPGEF4)mRNA表达水平降低(P<0.05);转录组分析结果显示,IDH1突变通过表观遗传调控影响血管生成通路;Western blotting及qPCR检测结果显示,IDH1突变组U87细胞的血管生成因子[ETS1、GATA结合蛋白2/3(GATA2/3)、VEGFC、血小板衍生生长因子受体α(PDGFRA)]蛋白和mRNA表达水平均高于对照组(P<0.05).结论 IDH1突变通过表观遗传调控明显上调胶质瘤细胞的血管生成相关基因(ETS1、VEGFC、BMP6、SOX18等)的转录水平和蛋白表达,进而促进血管生成.这一过程可能涉及肿瘤微环境中内皮细胞、成纤维细胞及细胞外基质的协同作用.
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