呼吸道合胞病毒A型即时检测体系:一管式重组酶聚合酶扩增联合CRISPR/Cas12a检测及两种即时读取方案
A point-of-care testing system for respiratory syncytial virus subtype A:one-tube recombinase polymerase amplification combined with CRISPR/Cas12a and two immediate readout modes
摘要目的 构建基于一管式重组酶聚合酶扩增(RPA)联合CRISPR/Cas12a检测及两种读取方案的呼吸道合胞病毒(RSV)A型即时检测体系,并评价其检测性能及临床应用潜力.方法 针对RSV-A型编码M蛋白的保守基因序列,设计合成引物、CRISPR/Cas12a蛋白识别向导RNA(crRNA)及探针,构建并优化一管式RPA-CRISPR/Cas12a检测体系;分别利用实时荧光PCR仪或侧向层析试纸条实现检测信号即时读取,开发一管式RPA-CRISPR/Cas12a荧光即时检测和一管式RPA-CRISPR/Cas12a试纸条即时检测体系;以质粒及假病毒为模板,分析两种即时检测体系的灵敏度及特异性;检测39例含RSV-A型或其他3种发热呼吸道症候群病毒的真实样本,评价即时检测体系与金标准RT-qPCR检测结果的Kappa一致性.结果 一管式RPA-CRISPR/Cas12a荧光即时检测可在37℃恒温条件下,30 min检出6.1×10-1 拷贝/μl的假病毒;一管式RPA-CRISPR/Cas12a试纸条即时检测可在相同条件下35 min检测到低至6.1×101 拷贝/μl的假病毒;两种检测体系与其他3种发热呼吸道症候群病毒均无交叉反应.真实样本检测结果显示,两种检测体系的特异度均为100.0%(15/15),敏感度分别为95.8%(23/24)、91.7%(22/24);与RT-qPCR Kappa一致性检验结果分别为94.7%、89.4%.结论 建立的RSV-A型即时检测体系敏感度和特异度较高,可作为RSV-A型感染临床诊断和流行病学监测的有效工具.
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