三浅裂野牵牛MADS-box基因家族全基因组鉴定与组织特异性表达分析

Genome-wide Identification and Tissue-specific Expression Analysis of MADS-box Gene Family in Ipomoea trifida

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摘要在甘薯近缘种三浅裂野牵牛(Ipomoea trifida)全基因组水平上对MADS-box基因家族进行鉴定和分析,结果表明,在三浅裂野牵牛基因组中,共鉴定到38个MADS-box(ItfMADS)成员.根据理化性质分析,各成员的氨基酸数目差异很大,有26个成员显碱性.亚细胞定位表明,在这些成员中有32个定位于细胞核.系统进化分析发现,ItfMADS家族可分为Ⅰ型和Ⅱ型2类,Ⅰ型包含9个成员,Ⅱ型包含29个成员.染色体定位分析发现,该38个ItfMADS成员不均匀地分布在三浅裂野牵牛基因组的12条染色体上,其中染色体11(Chr11)上的成员数最多(9个),而Chr12和Chr00仅有1个成员.结构域保守基序分析表明:各成员均含有MADS-box结构域,Ⅱ型的各成员还含有K结构域;motif 1和motif 3是ItfMADS蛋白的重要保守基序.基因结构分析表明,各成员中的内含子和外显子数量差异较大.启动子顺式作用元件分析发现,响应光的顺式作用元件最多.表达模式分析发现,ItfMADS基因在不同的组织中表达存在差异,且在不同胁迫下的表达量也不同,说明ItfMADS基因可能参与了胁迫响应.本研究为甘薯MADS-box基因的功能鉴定提供了参考,也为甘薯的分子育种奠定了基础.

作者姚旭峰 ^[1] 董静静 ^[2] 刘世芳 ^[1] 张毅 ^[1] 唐锐敏 ^[1] 王文斌 ^[1] 解红娥 ^[3] 吴宇浩 ^[3] 武宗信 ^[3] 贺立恒 ^[2] 李润植 ^[2] 贾小云 ^[1] 学术成果认领

作者单位山西农业大学生命科学学院,太谷 030801 ^[1] 山西农业大学农学院,太谷 030801 ^[2] 山西农业大学棉花研究所,运城 044000 ^[3]

关键词三浅裂野牵牛 MADS-box 基因组鉴定组织特异性表达分析

分类号 Q943.2

栏目名称 研究报告

DOI 10.3969/j.issn.1007-7146.2021.03.005

发布时间 2021-07-13

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