换一批基于全转录组技术研究慢性应激抑郁模型中微小RNA、长链非编码RNA及环状RNA的表达谱及调控网络
Expression profiles and regulatory network of microRNA,long non-coding RNA and circular RNA in rat chronic stress depression model based on whole transcriptome technology
摘要目的 筛选慢性应激抑郁模型大鼠海马组织中微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)的表达谱及其竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨抑郁症潜在的病理生理机制.方法 12只SD大鼠分为空白组和模型组,采用慢性温和不可预测性应激(CUMS)构建抑郁症大鼠模型,取大鼠海马组织进行全转录组分析,并用生物信息学方法找出可能存在的lncRNA-miRNA-mRNA、circRNA-miRNA-mRNA调控网络.结果 根据|差异倍数(fold change)|≥1.5和P≤0.05共鉴定出29个差异miRNAs(上调21个,下调8个),686个差异lncRNAs(上调163个,下调523个),8个差异circRNAs(上调3个,下调5个).基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析显示,miRNAs的靶基因主要富集于细胞膜内的高尔基体和钙离子结合过程;LncRNAs靶基因的功能涉及核酸结合的调节、细胞因子和蛋白质泛素化等;CircRNAs的宿主基因主要集中在细胞刺激反应、代谢进程、催化活性等过程中.LncRNAs和circRNAs相互竞争的ceRNA网络显示,非编码RNA(ncRNA)与突触可塑性相关的mRNA之间存在复杂相互作用,如与轴突导向相关的Wnt-ta蛋白(WNT5a)和Ⅷ型胶原α1(COL8α1),以及神经发育相关的层黏连蛋白A2(LAMA2).结论 LncRNA和circRNA的ceRNA网络显示,ncRNA和mRNA之间的复杂相互作用与抑郁症的神经可塑性受损有关.
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关键词
微小RNA长链非编码RNA环状RNA抑郁症神经可塑性全转录组技术大鼠MicroRNALong non-coding RNACircular RNADepressionNeuroplasticityWhole transcriptome technologyRat
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DOI
10.16098/j.issn.0529-1356.2023.04.005
发布时间
2023-08-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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