换一批基于生物信息学的胰岛素分泌细胞诱导分化早期转录因子-微小RNA-mRNA调控网络的构建
Construction of transcription factor-microRNA-mRNA regulatory network during the induction of insulin-producing cells by bioinformatics methods
摘要目的 探讨人胚胎干细胞(hESCs)向胰岛素分泌细胞(IPCs)诱导分化前期差异表达的基因(DEGs)并构建微小RNA(miRNA)-mRNA调控网络.方法 选择基因表达综合数据库(GEO)内的GSE42094数据集作为研究对象,分为hESCs、Diff1、Diff2、Diff3、Diff4和IPCs 6组.选取Diff1组一过性表达DEGs,进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)路径显著性分析,选用STRING数据库进行蛋白相互作用网络分析,运用miRTarBase数据库预测其靶miRNA,构建miRNA-mRNA调控网络并可视化,应用文献数据进行验证.结果GO功能和KEGG路径显著性分析发现,Diff1组28个DEGs在生物学过程方面主要集中在原胚肠形成中的细胞迁移和SMAD蛋白信号转导,涉及的KEGG路径为转化生长因子β(TGF-β)和干细胞多能性调控信号通路.通过miRTarBase数据库查找靶miRNA,发现miR-335-5p能够调控CDA、IFITM1、FREM1、FGF17和ROR2 5个基因的表达.进一步通过文献数据验证,发现有26个miRNA存在于hESCs向IPCs诱导分化的过程中.结论 靶向一过性表达DEGs的miRNA参与IPCs诱导分化进程,其miRNA-mRNA调控网络在诱导分化早期起重要作用.
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栏目名称
DOI
10.16098/j.issn.0529-1356.2025.01.011
发布时间
2025-03-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家级大学生创新创业训练计划项目（202313213002）
辽宁省教育厅高校基本科研项目（LJKMZ20222086）
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