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首页 > 计算机工程与科学 > 一种基于蚁群算法的生物序列并行比对方法

一种基于蚁群算法的生物序列并行比对方法

A parallel alignment method for biological sequences based on ant colony algorithm

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摘要生物序列比对是生物信息领域的重要课题,比对结果的合理性和正确性关系到基于比对结果研究的正确性.在保证正确性的前提下利用并行计算充分挖掘计算潜力对提高比对效率有重要意义.针对双序列的全局比对问题,提出了基于蚁群算法的双序列比对并行化方案.对耗时最多的搜索比对路径和信息素更新两个步骤给出了基于共享内存模型的并行化方法.“天河二号”上OpenMP实验结果表明,8线程并行情况下,加速比可达5.03,且序列越长性能越高.

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作者 李娟 [1] 汤德佑 [1] 傅娟 [2] 学术成果认领
作者单位 华南理工大学软件学院,广东广州,510006 [1] 湖南工业大学绿色包装与生物纳米技术应用湖南省重点实验室,湖南株洲412008;华南理工大学医学院,广东广州510006 [2]
关键词 生物序列比对并行算法蚁群算法OpenMPbiological sequence alignmentparallel algorithmant colony algorithmOpenMP
分类号 TP311.1
栏目名称
高性能计算
DOI 10.3969/j.issn.1007-130X.2017.09.005
发布时间 2017-10-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（61201100） 广州市科技计划（201508010029）
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计算机工程与科学

计算机工程与科学

2017年39卷9期

1610-1616页

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