换一批
换一批分子对接法预测丹皮酚及其2个异构体与β-环糊精复合物结构
Prediction of complexes structure of β-cyclodextrin with paeonol and two of its isomers using molecular docking
摘要β-环糊精对丹皮酚和其异构体具有明显的分子识别能力,其复合物的构象也可以极大提高其溶解能力.为了调查3个异构体和β-环糊精之间的结合模式以及相互作用,进行了分子对接和分子动力学模拟计算.采用拉马克遗传算法进行复合物可能的构象搜索,采用分子动力学评估了对接结果.对接结果分析表明3个异构体的羟基和甲氧基等的相对位置对其结合模式起到关键作用.丹皮酚(Pae)和香草乙酮(Ace)只有1个稳定的结合方式,计算结果和1H-NMR预测的一致.而2-羟基-5-甲氧基苯乙酮(Hma)和β-环糊精的可能的作用方式都不稳定.主客体之间主要的作用力为分子间氢键和疏水相互作用.分子对接法和分子动力学结合是预测β-环糊精和其配体复合物结构的1种简单方便的方法.
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关键词
氢键分子动力学疏水相互作用香草乙酮环糊精hydrogen bondmolecular dynamicshydrophobic interactionacetovanillonecyclodextrin
分类号
O641.3
栏目名称
研究论文
DOI
10.11719/com.app.chem20140717
发布时间
2014-09-30
基金项目
doctor foundation of Henan University of Chinese Medicine
the natural science foundation of department of education of henan,China
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