换一批
换一批流感病毒A型核酸内切酶与羟基嘧啶酮衍生物识别的分子动力学模拟
Molecular dynamics simulation of the recognition between influenza virus type A endonuclease and hydroxy pyrimidine-ketone derivatives
摘要流感病毒A型核酸内切酶(Influenza A Endonuclease,IRE)是目前抗流感新药物研发的重要靶标.本文对IAE单体及其与羟基嘧啶酮衍生物(Hydroxy pyrimidine-ketone derivatives,HPD)抑制剂的复合物分别进行了2.1 ns的分子动力学模拟.从能量角度详细分析了IAE与HPD识别的关键残基,并对IAE-HPD复合物和IAE单体进行了成簇和自由能曲面计算,得到了HPD结合导致IAE的构象变化,主要是H41～Y48段α螺旋的去螺旋化以及H41等氨基酸残基的空间结构变化.优化后的结合模式表明,HPD与IAE识别主要是依靠一个双金属螯合的作用力以及周围残基的范德华相互作用力.模拟结果对于更深入理解IAE的结构特点以及与HPD的分子识别机制具有指导意义,为后续基于结构的抗流感病毒药物设计具有参考作用.
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关键词
流感病毒A型核酸内切酶分子动力学模拟自由能曲面成簇分析分子识别influenza virus type a endonucleasemolecular dynamics simulationfree energy landscapecluster analysismolecular recognition
分类号
R914.2
栏目名称
DOI
10.11719/com.app.chem20150807
发布时间
2015-10-28
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