换一批
换一批摘要目的:评估QM/MM方法和Surflex-Dock分子对接程序对DNA-配体复合物模拟的准确性.方法:从蛋白质数据库(ProteinData Bank)下载DNA-配体复合物的三维结构,利用计算机辅助药物设计的分子对接程序Surflex-Dock模拟出147个诱饵化合物(decoys)并计算其结合分数(binding score).然后将得出的分数与从QM/MM计算的结合能力以Z-score和辨别力(DP)作比较.从而评估Surflex-Dock和QM/MM的准确性.结果:Surflex-Dock的DPi值比QM/MM高,显示Surflex-Dock的辨别力较低.结论:因QM/MM计算速度慢,本研究认为Surflex-Dock可用作快速虚拟筛选,而较准确的QM/MM则适合用于对拥有较高结合分数的化合物进行再评分(rescoring).
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关键词
计算机辅助药物设计评分函数DNA-配体Surflex-Dock.QM/MMcomputer-aided drug designscoring functionsDNA-ligandSurflex-DockQM/MM
栏目名称
研究论文
DOI
10.16866/j.com.app.chem201709004
发布时间
2017-11-16
基金项目
澳门理工学院科研项目
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