换一批
换一批利用GSP逆转录结合巢式PCR技术鉴定剪接变体的新方法及其在小鼠TrkC基因变体发现中的应用
A new method for screening splice variants using gene-specific primer for reverse transcription followed by nested PCR approaches
摘要目的 利用基因特异性引物(gene specific primer,GSP)逆转录结合巢式PCR(nPCR)技术,建立鉴定剪接变体的新方法.方法 以小鼠TrkC基因为例,参考其已知变体1和变体2的序列分别设计GSP和nPCR引物,以逆转录产物为模板进行nPCR反应,扩增产物采用1.5%琼脂糖凝胶分离并回收具有递减趋势的DNA片段,利用T/A克隆技术亚克隆到载体pMD19-T进行直接测序,并与小鼠RefSeq数据库进行比对.结果 利用GSP逆转录结合nPCR技术不仅可鉴定出TrkC基因的已知剪接变体,而且还能够筛选到TrkC基因的新剪接变体并命名为变体3,与变体1相比属于盒式外显子剪接模式,缺失了变体1的520～2188位共1669 bp.结论 利用GSP结合nPCR技术建立了一种鉴定剪接变体的方法,为新剪接变体的挖掘与功能研究以及理解异常剪接相关疾病的机制研究提供了重要参考.
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分类号
Q78
栏目名称
论著
DOI
10.3969/j.issn.1674-9960.2011.08.006
发布时间
2011-11-14
基金项目
国家科技重大专项课题
国家自然科学基金课题
蛋白质组学国家重点实验室自主研究课题
蛋白质组学国家重点实验室开放课题
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