换一批基于生物信息学分析的肺鼠疫细胞焦亡相关基因筛选及分子机制探索
Screening of pyroptosis-related genes in pulmonary plague and molecular mechanisms based on bioinformatics analysis
摘要目的 运用生物信息学方法深入探究肺鼠疫中细胞焦亡相关基因的生物学功能,并评估其作为诊断标志物的潜在应用价值.方法 从基因表达综合数据库(GEO)中提取肺鼠疫相关数据集GSE220123,筛选与细胞焦亡相关的差异表达基因(DE-PRG).通过基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析及免疫浸润分析探索DE-PRG的功能,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析识别枢纽(Hub)基因,并通过差异表达分析进一步筛选出具有持续高表达特征的关键基因.利用逆转录实时定量PCR(qPCR)技术,验证关键基因在肺鼠疫小鼠肺中的相对表达水平.结果 共筛选出17个DE-PRG,PPI网络分析识别出了7个Hub基因.其中,含半胱氨酸天冬氨酸特异性蛋白酶4(Casp4)在肺鼠疫病程中表现出持续的上调,逆转录qPCR的结果与生物信息学分析结果相符.结论 DE-PRG在肺鼠疫的免疫应答中扮演着关键角色,尤其是Casp4基因,其作为肺鼠疫的诊断生物标志物和潜在治疗靶点具有显著的应用前景.
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关键词
肺鼠疫鼠疫耶尔森菌生物信息学细胞焦亡Casp4pneumonic plagueYersinia pestisbioinformaticspyroptosiscysteinyl aspartate-specific proteinases-4
栏目名称
DOI
10.7644/j.issn.1674-9960.2025.04.006
发布时间
2025-06-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
石家庄市科技计划（211200553）
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